ixSci

Первое стоит, вторые 2 — нет.

Если пишите на С++ то забудьте о массивах. Всегда используйте указатели, там где не нужны массивы и std::vector\std::array там где они нужны. Массивы это пережиток С и не С++-way
Использовать malloc\free в коде на С++ тоже не лучший выбор.

Кстати, не знаю поможет ли Вам это. Но Вы можете перевести свои проекты на CMake и впоследствии Вам откроется широкий выбор IDE. Вы сможете использовать как MSVS так и Креатор, предложенный выше(и другие). Cmake умеет генерировать Borland makefiles, в том числе. У CMake не очень хорошая документация, но осилить его можно. Хотя и потребуется время.
А выбирать IDE Вам лучше всего по ощущениям, многие советуют QtCreator+Qt. Лично я использую MSVS+Qt и не могу использовать QtCreator, т.к. для меня QtCreator слишком неудобный и тормозной. Возможно, Вам покажется по другому.

1. Если у Вас используется ofstream, то флаг должен быть ios_base::out, а не ios_base::in
2. Честно говоря, я не знаю, можно ли расширять файл способом, который Вы используете. Я не нашел ни опровержений ни доказательств этому. Но если учесть, что seekp устанавливает указатель внутри последовательности, я бы не стал надеяться на гарантированное поведение в подобном случае.
3. VS 2010 STL работает с файлами размером 2^64, так что в этом затыка нет.

auto Object = std::make_shared

В общем случае достаточно знать, что есть в stl и примерно знать, что есть в boost. Это нужно для того, чтобы быстро сориентироваться где найти решение и не велосипедить.
Было бы неплохо почитать книги Майерса, Саттера и Александреску. Это поможет понять некоторые узкие места языка. Ну и писать собственно :) Опыт бесценен.

По поводу Qt: стоит почитать где-нибудь туториал по нему, чтобы понять что-к-чему(слоты\сигналы, метасистема и т.д) и потом уже кодить, опять же. Qt довольна простая библиотека(в плане освоения) с отличным потенциалом. Советую, также, сразу смотреть в QtQuick как перспективное GUI в Qt

1) Покажите какие unresolved он Вам выдает
2) Проверьте есть ли такие функции в либе с помощью dumpbin
3) Проверьте, что при сборке этого poppler стоит флаг -Zc:wchar_t- в настройках проекта студии. По дефолту Qt собирается с ним, а вот разработчики, частенько, забывают вписать его в cmake.