Мне непонятно зачем вы используете опцию /a при установке. Эта опция означает Administrative install - Installs a product on the network. Возможно с этим и связано сообщение о том, что msiexec не найден.
Если вы скачали mysql-connector-net-6.9.3.msi на ту машину где установлен Visual Studio, то нужно просто кликнкть по нему пкм и выбрать 'Install'. И всё.