Вопрос решился. Нашел ответ в одном из комментариев на
stackoverflow.com/questions/35437870/selenium-unic...
Перед командой добавляем установку локали: LANG=en_US.UTF-8 ;
shell_exec("LANG=en_US.UTF-8 ; in2csv import/21066634-44.7.8.xlsx > /tmp/21066634-44.7.8.xlsx.csv");
