Пытался настроить Vagrant на работе, в итоге плюнул на все, поставил на виртуалку убунту сервер чистую, поставил то что мне нужно и норм, файлы закидываю по SFTP.
А вообще нужно писать так, чтобы код завелся и на линукс и на виндовс (главное соблюдать регистр в путях)))).