У какой-либо программы может быть своя функция синхронизации времени. Синхронизация времени на точное, но при неверно настроенном часовом поясе (помните все эти изменения?) ведёт к такому результату.
Отключите ВСЁ из автозагрузки.
Установите правильный часовой пояс.
Отключите синхронизацию.
Наблюдаем.