Вопрос решился.
Итак, домен2 смотрит на домен1. Далее, в админке создаем новый магазни с типа "домен2". В коде, где нужно разграничить магазины, будет условие вроде "если SHOP_TYPE == 1, то xxx". База остается 1.
Так же было доп. условие - с домен1 в админке видны товары только для него, в с домен2 - только для него, это тоже решается добавление в таблицу категорий флага.