Спасибо за совет. Нашел решение может Вам или кому-то пригодится:
wiredep можно указать несколько параметров
.pipe(wiredep({
directory : "src/bower/", // Путь к вашим бовер компонентам
ignorePath: '../', // Игнорирует указанный путь
}))
А для useref указал следующее:
.pipe(useref({
searchPath: './src/', //Ищет данную папку
transformPath: function(filePath) {
return filePath.replace('../','/') // Меняет путь на который указан вторым параметром
}
}))
Таким образом я организовал работу данных плагинов со структурой папок удобной для меня. Пути прописываются валидно, по крайней мере для меня =)
