Владимир Ионенко

Спасибо за совет. Нашел решение может Вам или кому-то пригодится:
wiredep можно указать несколько параметров

.pipe(wiredep({
    directory : "src/bower/",  // Путь к вашим бовер компонентам 
    ignorePath: '../',  // Игнорирует указанный путь 
    }))

А для useref указал следующее:

.pipe(useref({
          searchPath: './src/', //Ищет данную папку
          transformPath: function(filePath) {
                return filePath.replace('../','/') // Меняет путь на который указан вторым параметром
            }
        }))

Таким образом я организовал работу данных плагинов со структурой папок удобной для меня. Пути прописываются валидно, по крайней мере для меня =)