А conditional compilation не подходит?
То есть если писать в js:
/*@cc_on
.... // тут код, который видят и исполняют только IE, остальные браузеры считают за комментарии
@*/
Конечно, нужно учитывать, что код внутри cc_on будут исполнять все IE, не только 11й. А задача отличить-то его. Но внутри кода можно использовать проверки типа /*@if (@_jscript_version >= ... ) Какой конкретно номер у IE11, думаю, найти не сложно.