> Почему так происходит
Потому что делается запрос к /content/ , а не к /content/index.php.
А значит, обработка запроса остаётся в location /, а не уходит ниже ( а в / у вас есть всё для того, чтобы отдать index.php).
> как сделать, чтобы index.php не срабатывал при запросе /content/
Описать то, что должно происходить в location /content/ (и, кстати, нет смысла особого делать его вложенным в таком случае).
Если должен отрабатывать автоиндекс - так и напишите. Если должна открываться другая индексная страница - так и напишите.
Если должен быть автоиндекс + запрет на php - то так и напишите.