Рамиль: к сожалению не ставил ничего с помощью PuPHPet и vargant. Но по идее варианта 3:
1) Править руками конфиг vargant чтобы научить его брать правильный nginx
2) Попробовать всё таки обновить репозиторий на уже поднятом сервере чтобы обновится до правильного nginx
3) Поставить второй nginx через "passenger-install-nginx-module" чтобы обслуживать только passenger.
Мне лично ближе второй вариант.
