Если человек пришел с яндекса - записать cookie
Если человек пришел не с яндекса - не записывать cookie
Если вы не знаете, что такое куки, почитайте статьи
Чтобы куки отображались на всем сайте, указвайте путь - /
То есть вот так вот
setcookie( 'auth', 1, time()+7776000, '/');
Чтобы вывести эту куку, напишите
echo $_COOKIE['auth']; // на любой странице сайта