Раньше для маркдауна Jekyll по умолчанию использовал Maruku. В Maruku отключить автоматическую генерацию id для заголовков вроде бы нельзя. Но можно их изменить, например:
## Заголовок {#header}
C версии 2.0.0 для маркдауна в Jekyll по умолчанию используется Kramdown. Там можно отключить автоматические id для заголовков. В файле _config.yml нужно указать:
kramdown:
auto_ids: false
Так что можно или обновить Jekyll до новой версии, или установить по умолчанию Kramdown в старой версии и изменить настройки для auto_ids в _config.yml.
Чтобы установить по умолчанию Kramdown в предыдущей версии Jekyll, в _config.yml нужно указать:
markdown: kramdown