ILYA

В случае с nginx, стоит обратить внимание на location. В моем случае был опущен параметр $args

Должно быть так:

location / {
    try_files $uri $uri/ /index.php?$args;
}

Стоит также обратить внимание на то, в каком формате сервер возвращает данные, по умолчанию pjax ждет html для замены. Если сервер возвращает что-то другое (например пустой документ), то страница просто будет перезагружаться.