Опишу то, что мне помогло с данной ошибкой.
Моя ситуация: нужен php-fpm, установлена ubuntu 10, в apt репозиториях php5-fpm нет ( в 14 есть, но там 5.5.9, что тоже не айс ), есть вариант добавить сторонний репозиторий, но решил я cобрать из исходников. В итоге аналогичная проблема с pdo -could not find driver. ( Есть подозрение что при сборки что-то не так сконфигурировал.) Помогла банальная установка из apt-get php5-mysql .
