Сервер приложений, на сколько я знаю, это общее наименование среднего звена в трехуровневой клиент-серверной архитектуре ( Клиент -> Сервер Приложений -> Сервер БД ).
1. Клиент - графическая/интерфейсная часть.
2. Сервер приложений - программа реализующая какую-то часть (большую или меньшую) логики.
3. Сервер БД - управление данными и транзакциями.
Отсюда вывод, Apache httpd + ( php | perl | jetty ) и Apache Tomcat, являются серверами приложений, так как выполняют свою роль, посредника между клиентом и сервером БД.
Собственно тут стоит обратить внимание на то, зачем вообще было введено понятие сервера приложений, какие задачи он решает, понять так сказать его сущность, через его функции =)
