Если лень заморачиваться с сервером, ставьте Апач и пишите под CGI на Питоне, Перле.
Если не лень, то берите мини-фреймворк типа Flask, запустите его потом под tornado или mod_wsgi.
Однозначно второй способ.
Если у вас используется ORM, то в классе модели комментария в методе сохранения в базу добавьте инкремент счетчика, а в методе удаления — уменьшение.
