Особенность EC2 в том, что с ним другие Amazon-сервисы, такие как S3, SimpleDB, Simple Queue и др. будут работать быстрее. Если вы храните данные в SDB, файлы в S3, сообщения в SQS, то отдавать/принимать их лучше всего с инстанса EC2, т.к. скороть обмена данными внутри инфраструктуры Amazon очень высока.
А вообще, EC2 дороговат, и его инстансы не защищены от падений. При этом безвозвратно теряются ВСЕ данные. Поэтому к использованию EC2 добавьте использование сервиса виртуального диска (mount), с которого постоянно будет делаться бэкап на S3. Чувствуете? Один сервис тянет за собой другие. И вам придется выбирать, переходить ли на амазоновское облако полностью или искать альтернативы.
Как уже было написано выше, я бы тоже рекомендовал linode.
