Какой процесс сжирает ресурсы? Если rphost - то это база (и конфигурация - значит код кривой), если rmngr - то сервисы (значит окружение кривое).
Скуль и сервер лучше поместить на одну тачку - тогда работа будет не по сети, это сильно ускорит.
В кластере, в свойствах рабочего сервера ставим галку - Менеджер под каждый сервис - смотрим какой из rpmng жрёт ресурсы, по его PID процесса находим какой это сервис в кластере - делаем выводы.
Конфигурация самописная? Отладку нужно запустить, понять какой запрос сильно грузит ресурсы.
