Vladimir Zhurkin

вопрос построения высоко-нагруженного веб-сервера

А что, уже точно магазин имеет такую посещаемость , что надо делать сразу высоконагруженный ?
Просто практика показывает, что это зря потраченные/вложенные деньги и до высоких нагрузок еще далеко. Как минимум чуть ли не год.

1. Какую использовать лучше ОС для WEB-сервера? CentOS or Ubuntu? Какие версии?

То, что вам ближе или то, по чему вас смогут быстро проконсультировать.
Как по мне вообще все равно.

2. Какую лучше использовать конфигурацию (см. выше описание)?

Я бы просто начал с ngix+php-fpm+mariadb он же mysql.
+ настроил мониторинг для понимание нагрузок на сервер.

3. Как устанавливать, используя какие средства?

эм. ну в ubuntu sudo apt-get nginx php-fpm mariadb-server mariadb-client

как вариант вообще не заниматься этим, а взять готовые шаблоны например у vscale.io

вам надо:

Общие хранилище (FC/iSCSI) с кластерной ФС — например ocfs2.
Там вы храните html/БД и прочию нужную вам ерись.

Две машины объединяются Heartbeat, в вашем случаи за глаза.

Хранилище так же можно сделать резервным куда либо еще, используя drbd+ocfs2 :)

В такой вариации, у вас будет простаивать один сервер.
Если нужна однавременная работа, то в апаче модуль балансировки или через nginx.
БД репликацией.