Гуглил, особо толку нет. Нашел похожий вопрос, где решением было отмечено: добавить в query: affiliations:[OWNER, ORGANIZATION_MEMBER, COLLABORATOR], ownerAffiliations:[OWNER, ORGANIZATION_MEMBER, COLLABORATOR], но оно не работает.
Оно работает. С помощью GraphQL API вы можете получить информацию о своих репозиториях, или о тех репозиториях, где вы являетесь участником.
Для получения информации о всех репозиториях, вам нужно использовать GitHub REST API. Правда там есть лимиты на запросы, какие - я хз, не смотрел.