Скорее всего разницы никакой не будет, поскольку и в том и в другом случае количество записей с флаг =0 или processed_time = 0 одинаковое. Индекс на processed_time только позволит намного быстрее делать статистические запросы с количеством обработанных заданий во временных промежутках (нужно ли вам это?).
У индекса есть такое значение как cardinality (дословно с англ: «мощность»). И чем ближе значение этого свойства к общему количеству записей — тем быстрее работает поиск по индексу.