если у вас есть root доступ, тогда удаляйте
sudo rm file
Как я понимаю что у вас нет такого доступа. тогда выход есть в суппорте или удаление через панель предоставляемую хостером. Например, в cpanel есть файловый менеджер, он должен удалять файлы.
Хотя я в таких случаях ОБЯЗАТЕЛЬНО говорю хостеру что бы мой акккаунт мог удалять файлы которые делают мои сайты и считаю это правильным выходом
