В линуксе принято, что расположение лог файла может задаваться пользователем, а стандартное расположение логов зависит от дистрибутива.
В разных дистрибутивах, когда пользователь устанавливает пакет через менеджер типа yum или apt-get, он делает это с правами рута и писать может только в свой файл, созданный менеджером. Поэтому лучший способ по умолчанию все логи, исполняемые файлы и т.д. — складывать в одну папку, но дать возможность все пути настраивать, чтобы ответственность брал на себя пользователь/менеджер пакетов, иначе у разных пользователей ваше приложение просто не будет работать