Найти нормальный ssh-клиент, который, так же как его *nix аналог, умеет авторизацию по rsa-ключам вместо логина-пароля и выполнение команд. Вроде putty это все умеет, но проверить не могу, поищите "putty удаленное выполнение комманд"
Как вариант можно rsh, если все внутри локальной сетки и безопасность не важна