Ощущение, что проблема в смещенных на 100 пикселей вправо элементах класса "fade-left".
Если им отключить свойства трансформации, скролл пропадает
-webkit-transform: translate3d(100px,0,0);
transform: translate3d(100px,0,0);
P.S. После постепенного листания сайта в самый низ, наступает момент, когда скролл тоже пропадает. Предположил, что из-за того, что все элементы "приехали" на своё место.
UPD: В общем, если для "#main_section3" задать "overflow: hidden", проблема решается.