По вопросу ясно, что с автоматизацией напряг. Поэтому без автоматизации:
Создать папку "Проект", создать в ней три папки: "1 отдел", "2 отдел", "3 отдел", назначить права один раз. Убрать папку "Проект" в надёжное место, дать доступ только куратору. Это - шаблон, каркас, назовите как хотите. Начинается новый проект, куратор копирует весь шаблон в нужное место, переименовывает "Проект" в "Проект Рога-и-Копыта", всё, готово.
