Никита Гусаков

Я думаю у вас все правильно, просто установка написана криво и требует целенаправленно вызов скрипта.

upstream php-fpm {
    server unix:/var/run/php5-fpm.sock;
}

server {
    listen   80;
    root /home/haru/projects/site/web;
    index @app;
    server_name site.loc;

    location / {
            try_files $uri @app;
    }

    location @app {
        rewrite ^ index.php;
    }

    error_page 404 /404.html;

    error_page 500 502 503 504 /50x.html;
    location = /50x.html {
          root /usr/share/nginx/www;
    }

    location ~ \.php$ {
            fastcgi_pass php-fpm;
            fastcgi_index index.php;
            fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
            include fastcgi_params;
    }
}

Запустите так: app/console server:run -vvv

А в чем проблема поставить python-software-properties?

sudo apt-get install -y python-software-properties
sudo apt-add-repository -y ppa:ondrej/php5
sudo apt-add-repository -y ppa:nginx/stable
sudo apt-add-repository -y ppa:ondrej/mysql-5.6
sudo apt-get update
sudo apt-get install php5-fpm php5-cli php5-mysql mysql-server nginx

А зачем вам апач, если есть nginx?

ничего не понятно из вашего вопроса.
Понятно что вы хотите огромную махину битрикс типо оптимизировать. Редиректы - 5%, а то и меньше, чего тут оптимизировать?