Долго искал решение этой проблемы. У меня было что я с Windows делал деплой на Ubuntu. Обратите внимание на ваш. Gemfile.lock. Возможно там закрались строчки подобные этой:
nokogiri (1.6.6.2-x86-mingw32)
уберите вручную (или попытайтесь избавиться от -x86....) закомитте и запуште (не забудте). Следующий деплой пройдет без проблем!
Дело в том, что Unix сервер просто игнорирует данные джемы для установки т.к. не находит соответствия(что естественно), но не ругается. Как по хорошему решать проблему - пока не знаю - думаю.