Мне получилось решить добавив "this.stop();"
это примерно на строке 2562
'mouseleave.owl.autoplay': $.proxy(function() {
if (this._core.settings.autoplayHoverPause && this._core.is('rotating')) {
this.stop(); // для исправление проблемы с возобновлением автопрокрутки
this.play();
}
}, this),