Сергей

Решение на Linux чем не устраивает? В качестве интерфейса на винде стандартный проводник. На линуксе тоже есть клиенты бесплатные, например кросплатформенный Filezilla

Включите в свойствах этих папок наследование в режим для файлов и подпапок, тогда любой созданный файл или подпапка будут наследовать права вышестоящего уровня



Делается на вкладке Дополнительно

Поднимите чистый сервер 2012, сделайте его вторичным контроллером домена, затем перенесите на него все 5 ролей FSMO перенастройте клиентам ДНС сервер, ведь ваши клиенты будут обращаться к DNS который на первом сервере (если он не отдельный конечно, в чем я сомневаюсь) для этого в DHCP сервере смените адрес DNS сервера на новый с 2012 виндой, если DHCP нет то ручками в свойствах интерфейса на каждом клиенте, после чего удаляйте 2003 контроллер, предварительно проверив что все роли на новом сервере, после удаления гасим 2003 машину повышаем уровень АД до 2012