Плохо использовать пренебрежительные названия, особенно когда дядька даёт дельный совет, ю ноу. Автор на S.O. имеет в виду, что нужно разделять понятия entry point и application. Т.е., должна быть входная точка, а должно быть и приложение. Отдельно. Плюс такого подхода в том, что лучше соблюдается SRP, а также приложение можно использовать в других входных точках "более чисто": будь то Android или GWT (но это зависит от крутости понимания и реализации ООП), или обычные юнит-тесты. Класс Application можно считать фасадом с точки зрения шаблонов проектирования. JavaFx здесь ни при чём.
----
Заметки на полях
В учебниках стараются писать максимально простой код, чтобы упростить понимание и закрепление материала. Поэтому main(String... args) в таких случаях встречается почти везде.
