Если я правильно помню, content_scripts - это скрипты, которые встраиваются в страницу в открытой вкладке, а popup.html - это другая страница, и скрипты у нее уже другие. Коммуникация между этими страницами должна осуществляться другими способами
https://developer.chrome.com/apps/messaging 
