Решение в лоб.
Создаете ассоциативный массив (в джаве ими map разруливает, кажется). Назовем его b. Далее проходите в цикле по всему своему a[]. Если элемент с ключом a[i] уже есть в b, то инкрементируем его значение. Если нет — добавляем такой элемент в b со значением 1.
Если нужно получить только дубликаты, то обходите b и удаляете все элементы, которые имеют значение 1.