jsoup больше напоминает webclient с возможностью парсинга html
HtmlCleaner - это именно html парсер, более мощный. Были у меня задачи, с которыми jsoup не справился бы.
Я считаю что связка apache http client+ htmlcleaner более мощная и удобная.
Но если у вас есть критичность к место, то увы)