Так почему бы не сделать так. Переместить файл, svn покажет что его нет, делаем svn rm он удаляет его из репо, коммит, затем ставим файл на место, SVN показывает что файл новый с вопросиком (в консоли), далее ставим на файл игнор, коммит, и SVN его не трогает больше, он остается локально
к сожалению был неприятный опыт работы с модикс. он меня расстраивал тем что нелья было править модули по фтп, через любимое IDE но это было год назад, как сейчас дела у них с этим?
