Причина обнаружена. Админ сервера пытался сначала сделать туннель IPSEC через racoon. Не получилось. Тогда он переключился на OpenVPN. При этом, не смотря на наличие отсутствия IPSEC тоннеля и убитый процесс енота SPD вполне себе оставались живы и ядро честно пыталось отправить пакет туда, откуда солнце не светит. После setkey -FP пакеты полетели туда, куда полагается, т.е. в tun0.
Всем ответившим огромная благодарность (и не только) за человеческое участие.