Я делал на Opencart ране.
Ставил Opencart на основной домен google.com
В панеле домена прописал irkutsk.google.com не создавая под него папку на серваке.
В админ панеле указал новый магазин irkutsk.google.com создал легенкий шаблон для регионов и клонировал их.
Единственное пришлось создать категории много раз из-за SEO мегатегов, чтобы при заходе на страницу irkutsk.google.com/category/diplome был мегатеги, ключевые слово под этот регион.
Все 63 поддомены индексировались без проблем.