Короче, процесс виновник похоже найден. Через вывод iotop -oa. Это процесс ядра, который журналирует массивы и диски.
285 be/3 root 0.00 B 86.00 M 0.00 % 0.63 % [jbd2/md2-8]
Причём "поганец" постоянно пишет что-то насчёт массивов, поток логов относительно разделов не велик. Надо узнать куда пишет и как это исправить. Решение нашёл:
в файле /usr/lib/pm-utils/power.d/journal-commit
нужно изменить одну строку JOURNAL_COMMIT_TIME_AC=${JOURNAL_COMMIT_TIME_AC:-0}
вместо нуля я поставил 120
Однако у меня нет такого файла. pm-utils не установлены, потому что не используется ни режимы сна, ни остановки дисков.