Нашел решение, нужно зайти в папку где установлен chrome. По умолчанию это "C:\Program Files (x86)\Google\Chrome\Application". И удалить файл "chrome.VisualElementsManifest". Возможно поможет и сразу если до этого не менять значок через ярлык. Поэтому я удалил этот файл. Сбросил значок ярылка на стандартный. Перезагрузил пк и после добавил значок на главный экран. Теперь он снова нормального размера.
