goodknight

Есть. А если надо ниже, чем ie9, пользуйтесь firebug lite.

При чем тут html5 ?
Сугубо дизайнерский вопрос.

if($(window).scrollTop()>XXX

Какая-нибудь ерунда типа Macaw, если вы ищите прямо уж генератор.
Или что-то такое

Я так понимаю, что на качество кода вам пофиг, раз уж вы такие вопросы задаете, прям ГЕНЕРИРОВАТЬ!).

А вообще вот вопрос, вы его смотрели?
Какой html5 редактор сайта использовать для создания landing page?

Скорее всего, проблема в стилях браузера с префиксами, у меня было такое, для Chrome & Safari & Opera что-то вроде :

-webkit-margin-after: 0.8em
-webkit-margin-before: 0.8em

В FireFox другой.

И еще, если это чистый hand-coding и где-то есть margin, возможно, возник collapsing margin

Больше ничего сказать не могу, т.к. кроме кода ничего не вижу.