Для тех, кто подписан, и просто для истории. Причина найдена, а об устранении буду еще размышлять.
Регулярность проявления (каждый день между часом и 2-мя ночи) натолкнула на мысль, что происходит это по планировщику. Итак:
Get-ScheduledTask | Get-ScheduledTaskInfo | ? {$_.LastRunTime -gt ((Get-Date).AddHours(-2))}
вывело заинтересовавшую меня:
LastRunTime : 16.10.2016 1:00:00
LastTaskResult : 0
NextRunTime : 17.10.2016 1:00:00
NumberOfMissedRuns : 0
TaskName : Storage Tiers Optimization
TaskPath : \Microsoft\Windows\Storage Tiers Management\
PSComputerName :
В действиях которой значилось:
%systemdir%/system32/defrag.exe -c -h -g -#
Ни что иное как дефрагментация с высоким приоритетом. Принудительный запуск этой задачи продемонстрировал все вышеуказанные проблемы. Из-за медленной дисковой подсистемы на файловом сервере ПО пользователей и службы профилей пользователей просто крайне долго отрабатывали I/O операции и если их при этом еще многократно тыркали мышкой - вовсе зависали.
В свойствах задачи сказано, что изменять и удалять её не рекомендуется. Нашел по этой теме инфо на течнете, буду думать, что с этим делать. Для любознательных ссылка:
https://technet.microsoft.com/ru-ru/library/dn7891...