Павел Гоголинский

Есть конечно. Меню – список ссылок, ul – тег для списка.
Если на это забить, то в первом варианте можно <nav> заменить на <div>. Потом <a> заменить на <div>, а обработку клика на js написать.

<input type="file"> ?

Может это бордер, может рамка у родительского эл-та. Посмотрите в инспекторе

Обычная рамка.
А с текстом заголовком – абсолютное позиционирование, задрать вверх, добавить padding, добавить белый бэкграунд.

див с бордер-радиусом 50% и радиальным градиентов в качестве заливки

Думаю, это что бы пустого места не оставлять

Префиксы актуальны
https://ru.bem.info/methodology/naming-convention/...

Иногда к именам блоков могут добавляться различные префиксы.

фон родительского элемента проглядывается, видимо

Посмотрите ошибки в консоли разработчика

prinzhorn.github.io/skrollr

гугли "абсолютное позиционирование"

Сделайте вместо

https://lori.ru/

Шапке сделать background: #fff; posizition: fixed; top: 0; left: 0; width: 100%

Вот две очень популярные библиотеки для таких эффектов
scrollmagic.io
greensock.com

А в чем загвоздка то?
Присвойте нужный шрифт, поменяйте цвета у текста, чуток стилизовать ссылки внизу и норм.

Об этом в доке написано
getbootstrap.com/getting-started/#disable-responsive
Коротко - задать ширину контейнеру с important, и использовать только .col-xs-*