giner

> Заметил что если я перенастраиваю /etc/network/interfaces и перезагружаю систему то скорость временно подымается (несколько часов).

Ещё раз — попробуйте iperf. Плюс к этому полезно будет посмотреть dmesg/messages/syslog.

Стоит помониторить.

Производительность сети:
iperf

Загрузка сети и дисковой подсистемы:
dstat
iostat