Во-первых, исчез WindowBuilder.
Я его, конечно, установил.
Почему его убрали из стандартной поставки?
Не в курсе точных причин, но Swing устарел и его давно уже заменил JavaFX.
Во-вторых, как собрать .jar с либами?
По-моему тут ничего особо не менялось.
Project -> Export -> Runnable JAR file (или просто JAR file) -> Галочка "Package required libraries into generated JAR" -> Finish
