Нужно указать полный путь до пакета, где будут лежать сгенерированные файлы.
В вашем случае (если будете держать сгенерированные и прото файлы в /protos/fizz)
option go_package = "example.com/project/protos/fizz";
далее запускаете генерацию с опцией
--go_opt=paths=source_relative
If the paths=source_relative flag is specified, the output file is placed in the same relative directory as the input file. For example, an input file protos/buzz.proto results in an output file at protos/buzz.pb.go.
https://developers.google.com/protocol-buffers/doc...
Загружать код в репозиторий не нужно.