Зачем такие трудности. Просто используйте себе FTP-шку и всё. А для структуризации используйте нормальную каталогизацию и имена файлов, а не сборщик хлама.
Категории - это ваши папки.
Файлы по категориям - это файлы в папках.
Если вот уперлись в CMS, то берите хоть Joomla и к ней какой-нить плагин.
