В первом случае, при создании нового объекта var a = new A(), в этот объект будет каждый раз записываться значения a и b.
var a = new A();
var b = new A();
И в a, и в b будут свойства со значениями. И там, и там, будет лежать 100 и 200. То есть, попросту говоря, в первом случае каждый новый объект будет иметь в себе свойства a и b при его создании.
Во втором же случае объект при создании будет иметь лишь свойство a. Т.к. прототипы довольно интересная вещь и советую почитать о них статьи. Но уже при созданном объект будет и свойство b, т.к. прототипы, как уже сказалось выше, дополняют готовый объект. Единственное отличие в том, что все созданные объекты будут иметь каждый свое свойство a и одно свойство на всех b.
Прототипирование обычно используется для описания методов объекта. Создал конструктор, в котором описал все свойства объекта, а в прототипе описал методы объекта.
