Практически все панели пытаются влезать в конфиги и затирать ваши кастомные.
В случае той же FASTPANEL можно вручную настроить конфиги через вебморду и после также редактировать только так. Любое изменение настроек не через "Ручное редактирвоание" поломает ваш конфиг.
Если в вашей панели (не помню что там в FASTPANEL) есть Apache с mod_proxy (полагаю вам именно этого нехватает), то положите в директорию на одном уровне с index.html файл .htaccess с нужными настройками. Тогда панель вам не нагадит.
