Просто так переткнуть диск в другую систему не получится - будет ругаться, что не может таблицу разделов прочитать.
Может быть пенальти по производительности, так как при создании разделов их начала и концы выбираются наиболее оптимальным образом.
Потеря гибкости из-за невозможности маневрировать разделами - у вас не получится этот раздел просто так уменьшить, с целью добавить еще один.
Других граблей не ожидается.